В древности сэппуку не было распространено в Японии; чаще встречались другие способы самоубийства — самосожжение и повешение. Первое сепукку было совершено даймё из рода Минамото в войне между Минамото и Тайра, в 1156 году, при Хеген. Минамото но-Таметомо, побеждённый в этой короткой, но жестокой войне, разрезал себе живот, чтобы избежать позора плена. Сэппуку быстро прививается среди военного сословия и становится почётным для самурая способом свести счёты с жизнью. Сэппуку состояло в том, что самоубийца прорезал живот поперёк, от левого бока до правого или, по другому способу, прорезал его дважды: сначала горизонтально от левого бока к правому, а потом вертикально от диафрагмы до пупка. Впоследствии, когда сэппуку распространилось и стало применяться в качестве привилегированной смертной казни, для него был выработан особый сложный ритуал, один из важных моментов которого состоял в том, что помощник (кайсяку) невольного самоубийцы, обычно его лучший друг, одним взмахом меча отрубал ему в нужный момент голову, так что сэппуку по смыслу сводилось к ритуальному обезглавливанию. Обезглавливание производилось тогда, когда тело самоубийцы начинало клониться вперед. Самурай стоически терпел мучения, показывая силу своего духа (хара), и как только тело качнется - взмах меча обрывал его жизнь. Между обезглавливанием по сэппуку и обыкновенным обезглавливанием установилась юридическая разница, и для привилегированных лиц, начиная с самураев, смертная казнь заменялась в виде снисхождения смертью через сэппуку, то есть смертной же казнью, но только в виде ритуального обезглавливания. Такая смертная казнь полагалась за проступки, не позорящие самурайской этики, поэтому она не считалась позорной, и в этом было её отличие от обыкновенной смертной казни. Такова была её идеология, но в какой мере она осуществлялась на практике, сказать трудно. Фактом остаётся только то, что сэппуку в виде казни применялось только к привилегированному сословию самураев и так далее, но никоим образом не к классам населения, считавшимся ниже самураев. Это официальное применение сэппуку относится к более позднему времени, а именно к токугавскому периоду сёгуната, но независимо от него этот способ самоубийства в частном его применении получил очень широкое распространение во всей массе населения, почти став манией, и поводами для сэппуку стали служить самые ничтожные причины. После реставрации 1868 г. с началом организации государственного строя по европейскому образцу и начавшимся под давлением новых идей изменением всего вообще уклада жизни, официальное применение сэппуку в конце концов было отменено, а вместе с тем и частное его применение стало выводиться, но не вывелось совсем. Случаи сэппуку нередко встречались и в XX веке (например, самоубийство японского писателя Юкио Мисимы в 1970 году), и каждый такой случай встречался скрытым одобрением нации, создавая по отношению к некоторым применившим сэппуку лицам более видного положения ореол славы и величия.

Существует точка зрения, согласно которой сэппуку усиленно насаждалось религиозными догматами буддизма, его концепцией бренности бытия и непостоянством всего земного.[2] В философии дзен-буддизма центром жизнедеятельности человека и местоположением его души считалось не сердце или голова, а живот[3], занимающий как бы срединное положение по отношению ко всему телу и способствующий более уравновешенному и гармоничному развитию человека. В связи с этим возникла масса выражений, описывающих разные душевные состояния человека с использованием слова «живот», по-японски хара [фуку]; например, харадацу — «ходить с поднявшимся животом» — «сердиться», хара китанай — «грязный живот» — «низкие стремления», хара-но курой хито — «человек с черным животом» — «человек с черной душой», хара-но най хито — «человек без живота» — «бездуховный человек». Считается, что вскрытие живота путём сэппуку осуществляется в целях показать чистоту и незапятнанность своих помыслов и устремлений, открытие своих сокровенных и истинных намерений, как доказательство своей внутренней правоты; другими словами, сэппуку является последним, крайним оправданием себя перед небом и людьми. Также возможно, что возникновение этого обычая вызвано причинами более утилитарного характера, а именно постоянным наличием при себе орудия самоубийства — меча. Вспарывание живота мечом являлось очень действенным средством, и остаться в живых после такой раны было невозможно. В Европе существовала некоторая аналогия этого ритуала: обычай бросаться на меч в древнем Риме возник не в силу какой-нибудь особой идеологии этого явления, а в силу того, что меч был всегда при себе. Как на Западе, так и на Востоке применение меча как орудия для самоубийства началось именно среди сословия воинов, которые постоянно носили его при себе.